学校での詰め込み教育に適応できなくて、勉強することに意欲や興味を失い、うつうつとした生活を送っていた子どもたちが、高山の頂上にある『雲の上の学校』に来て、元気を取り戻す物語。『雲の上の学校』の先生は、魔法使いでもあり仙人でもあるミー先生。唐の時代からタイムスリップしてきた妖姫(怪しい雰囲気を感じさせる美人)で、不思議な傘を持っている。傘の柄についているボタンを押すことで、空を飛んだり、子どもたちに空中旅行をさせることができる。子どもたちをタンチョウの背中に乗せて、バイクのように空を走らせることもできる。 ミー先生は真夜中に二つの袋を持って空を飛んで、子どもたちの夢を集めに行く。子どもたちが住んでいる家に窓から入り、楽しい夢を見ている子どもがいたら、その夢はピンクの袋に入れる。いやな夢を見て、うなされている子どもがいたら、その夢は黒い袋に入れる。持ち帰った夢を分析して、子どもの心の健康状態を知り、ケアに役立てている。うつうつとした生活を送っている子どもは、寝ているときに、いやな夢にうなされることが多い。その子どもをケアするために、ミー先生は両親と教師の承諾を得て、その子を『雲の上の学校』に連れていく。『雲の上の学校』で、子どもたちは、これまでとは打って変わった楽しい生活を行ない、明るい性格の子どもに変わっていく。『雲の上の学校』には古代の伝説のなかに出てくる花顔鹿という動物もタイムスリップしてきている。子どもたちは珍しい動物を見て楽しく過ごしたり、ミー先生から自然の神秘について自分の目を通して発見することの楽しさを学んで、勉強する意欲と興味を取り戻していった。