聖女リルアは十八歳になったとき、ゲームの世界に転生したことに気付いた。 彼女は自分が将来魔王としての力が目覚めて、世界に災厄をもたらす通称【ラスボス聖女】となる運命にあることを思い出し、さらにゲームのヒロインにして最愛の妹であるシェリアに殺されるという悲劇の結末に見舞われることに絶望する。 そんな絶望をよそに魔王の血が流れていることがバレた彼女は王子との婚約を破棄され、隣国の人質として追放されてしまう……。 隣国で身元を引き受けたのはゲームの中でも屈指のチート設定を持つ錬金公爵と呼ばれる天才錬金術師のレオンハルト。 彼は彼女の境遇を知り、自らの助手としてリルアがラスボスになる運命を変えてみせると約束する。 これは彼女が悲劇の結末を打ち破るために錬金術師としての第二の人生を歩む物語。