今から数十年後の近未来の話。 そんな世界では全世界の経済状況は飛躍的に向上していた。 しかし経済が飛躍的に向上した代償か地震や噴火といった自然災害が頻繁に起き始めた。 そんな自然災害の影響か世界はゆっくりと滅びへの道を辿っていく。 そんな中、遺跡を探索していた二人の高校生の少年、七瀬輝雪と仲野尚弥によって遺跡で発見された記憶喪失の少女、梨杏。 彼女は天災によって終わりに向かう世界の内の一つ 「新日本」に居た。 とある理由から、政府からの命令を受けて梨杏を狙う守護兵団。 新日本を脅かす全てを刻む獣、刻獣の存在。 突如として出現し、たくさんの信者を集め新日本の影で蠢くメビウス教団。 梨杏は様々な苦難を乗り越え、世界を知り、輝雪は梨杏の真実を知る。 様々な思惑が交わりし時、真の終焉の幕が開かれる。