現在のモガディシュは、人道支援者への襲撃や部族間抗争が依然として続いている事から、極めて危険な状態にある。

国際的に認知されているソマリア暫定連邦政府の所在地でもあったが、2006年6月にイスラム法廷連合（UIC）がアメリカの後援をうける『平和の回復と対テロ同盟』を破って実効支配を開始した。

厳格なイスラーム法を施行するUICにより治安は回復し、モガディシュ国際空港や港湾も開放され、アラブ首長国連邦との通交が行われたという。

だが情勢はむしろ悪化しており、2006年12月28日、ソマリア暫定連邦政府軍がエチオピア軍の支援の下にモガディシュを一時制圧し、アフリカ連合軍が治安維持に当たった。

その後もイスラム武装勢力とソマリア暫定連邦政府が勢力確立を争っている。