２０ＸＸ年。太陽系の向いにあると言われているＤ・Ｅ系の平和惑星リゲルに、サファイア・インダズ・コランダムという少年が住んでいた。彼は天才科学者を父に持っていたため、有名人だった。また、サファインは１５歳で、父・母・双子の妹・弟の五人暮らしだ。今日も平和にライフを送っていたコランダム家を、一つの事件が襲い掛かかるとは、誰が想像できるものか。


学校から帰った妹のルビイン（本名、ルビー・インダズ・コランダム）の不自然な悲鳴に、サファインと弟のダイイン（本名、ダイヤモンド・インダズ・コランダム）が驚いて駆け付けた所、そこには家具や家電等が無くなった部屋に、父の血が壁に残酷に痛々しく残っていたのだった。


パニック状態に落ちいっていたサファイン達は混乱しながらも警察に通報して、警察の人と共に父の捜索を行った。しかし、リゲル内でも父の行方が分からず、この事件は、『ガイル氏消失事件』として取り上げられ、リゲル中を慌ただしく騒がせた。このせいで、サファイン達は学校を中退させられ、リゲル国際警察署で生活する事になってしまったのであった。


そんなある日、サファインがアルバイトから帰って来たら、どうも警察署が騒がしい。個室に戻ってルビインに事情を聞いたら、なんと、Ｄ・Ｅ系で最も恐れられている閉鎖惑星、惑星エメコネアに父がいる事が判明した。そして父が謎のグループに命を狙われ、殺されそうになっているらしい。警察はこれ以上対応策がないと諦めかけていた。

しかし、このままでは父が所属している科学所が倒壊してしまい、リゲルが狂ってしまう。そう考えたサファインは、自らが父を救出しに行くと言い出し、警察を驚かせた。あの危険である核兵器だらけのＤ・Ｅ系のダイナマイト、閉鎖惑星エメコネアに突っ込むというのだから、とんでもない事を言う奴だと噂になった。しかし、サファインは決意を崩さなかったため、政府はサファイン達をエメコネアに向かわせる事を許可した。


リゲルに残る事になった母がサファインを心配そうに見つめていたが、サファインは、意志を崩さなかった。そして、『父さんは、必ず救って見せる。』と母と約束し、閉鎖惑星エメコネアへ旅立った。こうして、インダズ少年ことサファイア・インダズ・コランダムとその仲間達の冒険が始まったのであった。