元は明治二年（1869年）五月十一日に函館戦争にて戦死した新撰組副長、土方歳三の遺志を継ぎ、西洋化の波による日本国の乱れを正すべく発足した、新撰組の生き残りの隊士の一部からなる治安維持部隊。

あくまでその存在は極秘であり、非公式な部隊である。

『士道に背くあるまじき事』、『敵前逃亡は士道不覚悟』という隊規の下に、幕末以降、歴史の影から日本国に巣食う『悪』を葬ってきた集団。

その隊規を忠実に守り、現代まで零番隊は存続してきた。

だが現在では本来の意味での土方の遺志を継ぐ者は数少なくなっているという。