西暦2307年､人類は枯渇した化石燃料に代わるエネルギー源として宇宙太陽光発電システムと軌道エレベーターを実用化していたが、莫大な建造費が必要なこれらのシステムを所有しその恩恵が得られるのは「ユニオン」、「人類革新連盟」、「AEU」の世界3大国家群のみであった。それらの超大国間には全面的な対決こそ無いものの熾烈な軍備開発競争による冷戦状態が継続し、また、いずれの連合にも属せなかった小国は貧困にあえぎ、紛争や内戦を繰り返していた。
そんな中､新型モビルスーツの公開軍事演習を行っていたAEUは、突如所属不明のモビルスーツ2機の襲撃を受ける。額に“GUNDAM”と刻印されるそれらの機体は、圧倒的な機動力と攻撃力でAEUのMSを破壊していった。同じころ、人類革新連盟の宇宙ステーションを襲撃したテロリストを、同様の刻印が施された謎の機体2機が迎撃し、多数の市民の命が救われた。
この騒動にメディアが沸き立つ中、世界中に向けて1つの声明が発表される。4機のモビルスーツ「ガンダム」を所有する私設武装組織「ソレスタルビーイング」は、戦争・内乱など世界中のあらゆる武力紛争に同じ武力をもって介入し、戦争根絶を目指す集団であるという。それは「平和のための武力行使」という矛盾を抱える行為であった。
それから時はたち､一度は敗れ去ったコーナー家の悲願を再び叶えるため１人の男がこの戦いに介入しようとしていた｡