自転車でも二、三日以上はゆうにかかる、広大な敷地を有する神鳴学園を移動するには、基本バスか電車を使う。
　特に使われるのは電車である。神鳴学園には、学園専用の私鉄『神鳴学園鉄道』があり、円形状に広がる学園の円周上を『環状線』が、その環状線を東西に直径の形でのびる『東西線』、同じようにして南北に伸びる『南北線』の三つが走っている。
　高等部の校舎は、環状線と東西線の境目、学園都市に十二個ある校門の一つ『神鳴学園東大校門』のすぐ近くにある。これは、麟紅のような“通い”の生徒が、登校時は学園都市内での危険な走行をさせたいために降りて校舎に向かわせるための措置らしい。
　麟紅たち＜黄昏の翼＞の面々は、環状線北北東、大学部区域、『精神、及び脳科学研究センター第五研究所』通称『第五脳研』に一番近い『KBC(神鳴学園放送)タワー前駅』の前にいた。
　『未完成の賢者の石』は、この『第五脳研』の地下にあると言う。