新選組と薩長との同盟が結ばれてから直ぐ、新選組は実質的に会津藩から脱藩し、長く過ごした京の街を後にした。


新選組の屯所は長州へと移された2週間後、肥前、土佐が同盟に加わり、同盟軍の名は新政府軍となった。



その後、新政府軍に向けて送られてくる旧政府軍を上手くかわしつつ、新政府軍は着々と、戦の準備を始めていた。