日本側の参加兵力は、以下のように決定された。
連合艦隊（主力部隊） 司令長官：山本五十六大将
第一戦隊
連合艦隊司令長官直率戦艦(ミッドウェー島砲撃部隊)：大和、長門、金剛、
榛名、扶桑、伊勢
第七戦隊（ミッドウェー島砲撃支援隊） 司令官：栗田健男中将
重巡洋艦：三隈、最上、熊野、鈴谷
第三水雷戦隊 司令官：橋本信太郎少将 旗艦 軽巡洋艦：川内
第一一駆逐隊 司令：荘司喜一郎中佐
駆逐艦：吹雪、白雪、初雪、叢雲
第一九駆逐隊 司令：大江覧治大佐
駆逐艦：磯波、浦波、敷波、綾波
空母隊 司令：梅谷薫大佐（鳳翔艦長が兼務）
航空母艦：鳳翔
駆逐艦：夕風
特務隊 司令：原田覚大佐
水上機母艦：千代田、日進
油槽艦：鳴戸丸、東栄丸
第一艦隊（主力部隊） 司令長官：高須四郎中将
第二戦隊
第一艦隊司令長官直率戦艦：日向、山城
第九戦隊 司令官：岸福治少将
軽巡洋艦：北上、大井
第二四駆逐隊 司令：平井泰次大佐
駆逐艦：海風、江風
第二七駆逐隊 司令：吉村真武大佐
駆逐艦：夕暮、白露、時雨
第二〇駆逐隊 司令：山田雄二大佐
駆逐艦：天霧、朝霧、夕霧、白雲
油槽艦:さくらめんて丸、東亜丸
第二艦隊（攻略部隊） 司令長官：近藤信竹中将
第四戦隊第一小隊 司令官：近藤信竹中将
重巡洋艦：愛宕、鳥海
第五戦隊 司令官：高木武雄中将
重巡洋艦：妙高、羽黒
第三戦隊第一小隊 司令官：三川軍一中将
戦艦：比叡、陸奥
第四水雷戦隊 司令官：西村祥治少将 旗艦 軽巡洋艦：由良
第二駆逐隊 司令：橘正雄大佐
駆逐艦：五月雨、春雨、村雨、夕立
第九駆逐隊 司令：佐藤康夫大佐
駆逐艦：朝雲、峯雲、夏雲、三日月
航空母艦：瑞鳳
油槽艦:健洋丸、玄洋丸、佐多丸、鶴見丸
第八駆逐隊 司令：小川莚喜大佐
駆逐艦：朝潮、荒潮
第二水雷戦隊（護衛隊） 司令官：田中頼三少将 旗艦 軽巡洋艦：神通
第一五駆逐隊 司令：佐藤寅治郎大佐
駆逐艦：親潮、黒潮
第一六駆逐隊 司令：渋谷紫郎大佐
駆逐艦：雪風、時津風、天津風、初風
第一八駆逐隊 司令：宮坂義登大佐
駆逐艦：不知火、霞、陽炎、霰
哨戒艇:哨戒艇1号、2号、34号
油槽艦:あけぼの丸
第一一航空戦隊 司令官：藤田類太郎少将
水上機母艦：千歳、神川丸
駆逐艦：早潮
哨戒艇:第35号哨戒艇
工作船:明石
ミッドウェー諸島占領隊
輸送船18隻(清澄丸、ぶらじる丸、あるぜんちな丸、北陸丸、吾妻丸、霧島丸、第2東亜丸、鹿野丸、明陽丸、山福丸、南海丸、善洋丸 )
油槽艦：日栄丸
第二連合特別陸戦隊 司令官：大田実（海軍）大佐
横五特（横須賀第五特別陸戦隊）、呉五特、第一一設営隊、第一二設営隊、
第四測量隊陸軍一木支隊 支隊長：一木清直（陸軍）大佐
第一航空艦隊（第一機動部隊） 司令長官：南雲忠一中将
第一航空戦隊 司令官：南雲忠一中将
航空母艦：赤城（零戦21 九九艦爆21 九七艦攻21）、加賀（零戦21 九九艦爆21 九七艦攻30）
第二航空戦隊 司令官：山口多聞少将
航空母艦：飛龍（零戦21 九九艦爆21 九七艦攻21）、蒼龍（零戦21 九九艦爆21 九七艦攻21）
第四航空戦隊 司令官︰山口多聞少将
航空母艦︰龍驤(零戦30 九九艦爆9 九七艦攻9)、隼鷹(零戦13 九九艦爆20 九七艦攻20)
第八戦隊 司令官：阿部弘毅少将
重巡洋艦：利根、筑摩
第三戦隊第二小隊
戦艦：霧島
第十戦隊 司令官：木村進少将 旗艦 軽巡洋艦：長良
第四駆逐隊 司令：有賀幸作大佐
駆逐艦：嵐、野分、萩風、舞風
第十駆逐隊 司令：阿部俊雄大佐
駆逐艦：風雲、夕雲、巻雲、秋雲
第十七駆逐隊 司令：北村昌幸大佐
駆逐艦：磯風、浦風、浜風、谷風 油槽艦:東邦丸、極東丸、日本丸、国洋丸、神国丸、日朗丸、豊光丸、第2共栄丸
第六艦隊（先遣部隊） 司令長官：小松輝久中将
本隊軽巡洋艦：香取
第八潜水戦隊（先遣支隊）潜水母艦：愛国丸、報国丸 潜水艦：伊15、伊17、伊19、伊25、伊26、伊174、伊175、伊122
第三潜水戦隊潜水母艦：靖国丸 潜水艦：伊168、伊169、伊171、伊172、
伊9、伊123
第五潜水戦隊潜水母艦：りおで志゛やねろ丸 潜水艦：伊156、伊157、
伊158、伊159、伊162、伊164、伊165、伊166、伊121
連合艦隊（主力部隊） 司令長官：山本五十六大将
第一戦隊
連合艦隊司令長官直率戦艦(ミッドウェー島砲撃部隊)：大和、長門、金剛、
榛名、扶桑、伊勢
第七戦隊（ミッドウェー島砲撃支援隊） 司令官：栗田健男中将
重巡洋艦：三隈、最上、熊野、鈴谷
第三水雷戦隊 司令官：橋本信太郎少将 旗艦 軽巡洋艦：川内
第一一駆逐隊 司令：荘司喜一郎中佐
駆逐艦：吹雪、白雪、初雪、叢雲
第一九駆逐隊 司令：大江覧治大佐
駆逐艦：磯波、浦波、敷波、綾波
空母隊 司令：梅谷薫大佐（鳳翔艦長が兼務）
航空母艦：鳳翔
駆逐艦：夕風
特務隊 司令：原田覚大佐
水上機母艦：千代田、日進
油槽艦：鳴戸丸、東栄丸
第一艦隊（主力部隊） 司令長官：高須四郎中将
第二戦隊
第一艦隊司令長官直率戦艦：日向、山城
第九戦隊 司令官：岸福治少将
軽巡洋艦：北上、大井
第二四駆逐隊 司令：平井泰次大佐
駆逐艦：海風、江風
第二七駆逐隊 司令：吉村真武大佐
駆逐艦：夕暮、白露、時雨
第二〇駆逐隊 司令：山田雄二大佐
駆逐艦：天霧、朝霧、夕霧、白雲
油槽艦:さくらめんて丸、東亜丸
第二艦隊（攻略部隊） 司令長官：近藤信竹中将
第四戦隊第一小隊 司令官：近藤信竹中将
重巡洋艦：愛宕、鳥海
第五戦隊 司令官：高木武雄中将
重巡洋艦：妙高、羽黒
第三戦隊第一小隊 司令官：三川軍一中将
戦艦：比叡、陸奥
第四水雷戦隊 司令官：西村祥治少将 旗艦 軽巡洋艦：由良
第二駆逐隊 司令：橘正雄大佐
駆逐艦：五月雨、春雨、村雨、夕立
第九駆逐隊 司令：佐藤康夫大佐
駆逐艦：朝雲、峯雲、夏雲、三日月
航空母艦：瑞鳳
油槽艦:健洋丸、玄洋丸、佐多丸、鶴見丸
第八駆逐隊 司令：小川莚喜大佐
駆逐艦：朝潮、荒潮
第二水雷戦隊（護衛隊） 司令官：田中頼三少将 旗艦 軽巡洋艦：神通
第一五駆逐隊 司令：佐藤寅治郎大佐
駆逐艦：親潮、黒潮
第一六駆逐隊 司令：渋谷紫郎大佐
駆逐艦：雪風、時津風、天津風、初風
第一八駆逐隊 司令：宮坂義登大佐
駆逐艦：不知火、霞、陽炎、霰
哨戒艇:哨戒艇1号、2号、34号
油槽艦:あけぼの丸
第一一航空戦隊 司令官：藤田類太郎少将
水上機母艦：千歳、神川丸
駆逐艦：早潮
哨戒艇:第35号哨戒艇
工作船:明石
ミッドウェー諸島占領隊
輸送船18隻(清澄丸、ぶらじる丸、あるぜんちな丸、北陸丸、吾妻丸、霧島丸、第2東亜丸、鹿野丸、明陽丸、山福丸、南海丸、善洋丸 )
油槽艦：日栄丸
第二連合特別陸戦隊 司令官：大田実（海軍）大佐
横五特（横須賀第五特別陸戦隊）、呉五特、第一一設営隊、第一二設営隊、
第四測量隊陸軍一木支隊 支隊長：一木清直（陸軍）大佐
第一航空艦隊（第一機動部隊） 司令長官：南雲忠一中将
第一航空戦隊 司令官：南雲忠一中将
航空母艦：赤城（零戦21 九九艦爆21 九七艦攻21）、加賀（零戦21 九九艦爆21 九七艦攻30）
第二航空戦隊 司令官：山口多聞少将
航空母艦：飛龍（零戦21 九九艦爆21 九七艦攻21）、蒼龍（零戦21 九九艦爆21 九七艦攻21）
第四航空戦隊 司令官︰山口多聞少将
航空母艦︰龍驤(零戦30 九九艦爆9 九七艦攻9)、隼鷹(零戦13 九九艦爆20 九七艦攻20)
第八戦隊 司令官：阿部弘毅少将
重巡洋艦：利根、筑摩
第三戦隊第二小隊
戦艦：霧島
第十戦隊 司令官：木村進少将 旗艦 軽巡洋艦：長良
第四駆逐隊 司令：有賀幸作大佐
駆逐艦：嵐、野分、萩風、舞風
第十駆逐隊 司令：阿部俊雄大佐
駆逐艦：風雲、夕雲、巻雲、秋雲
第十七駆逐隊 司令：北村昌幸大佐
駆逐艦：磯風、浦風、浜風、谷風 油槽艦:東邦丸、極東丸、日本丸、国洋丸、神国丸、日朗丸、豊光丸、第2共栄丸
第六艦隊（先遣部隊） 司令長官：小松輝久中将
本隊軽巡洋艦：香取
第八潜水戦隊（先遣支隊）潜水母艦：愛国丸、報国丸 潜水艦：伊15、伊17、伊19、伊25、伊26、伊174、伊175、伊122
第三潜水戦隊潜水母艦：靖国丸 潜水艦：伊168、伊169、伊171、伊172、
伊9、伊123
第五潜水戦隊潜水母艦：りおで志゛やねろ丸 潜水艦：伊156、伊157、
伊158、伊159、伊162、伊164、伊165、伊166、伊121
